Esto es algo que generalmente es necesario hacer y que nunca está de más tenerlo a la mano
yo@milinux$ sed "s/#FF0000/#0000FF/g" main.css
RECOMENDACIÓN
Acá una pequeña aclaración, ya que originalmente en lugar de comilla doble tenía comilla simple y no me estaba funcionando ya, no se si sea por una actualización al comando o el bash o algo raro. Les recomiendo utilizar comilla simple (') y si no funciona comilla doble (") para delimitar la expresión.
El comando sed reemplaza una cadena y ahora lo redireccionamos a un nuevo archivo para que quede sustituido:
yo@milinux$ sed "s/#FF0000/#0000FF/g" main.css > nuevo_min.css
Aquí la entrada donde se inspiró la actual...
Saludos Javer@s!